ユーザープロビジョニングを設定している状態で、Teachme Biz上から直接新規ユーザー登録しても問題ありません。
補足
- Teachme Biz上で直接新規登録したユーザーのメールアドレスがEntra ID（旧：Azure AD）上に登録されている場合、同一のユーザーとみなします。
そのため、自動プロビジョニング時に、Teachme BizのアカウントがEntra ID（旧：Azure AD）上の情報で上書きされます。 - Teachme Biz上で直接新規ユーザー登録をしても、Entra ID（旧：Azure AD）上にユーザーが新規登録されることはありません。
関連：
Entra ID（旧：Azure AD）とのユーザープロビジョニングを設定する（Webブラウザ版）
https://teachme.jp/8/manuals/14803408/
グループにユーザー（メンバー・ゲスト）を招待・追加する（Webブラウザ版）
https://teachme.jp/8/manuals/4888801/
CSVでユーザーを追加する（Webブラウザ版）
https://teachme.jp/8/manuals/4269923/