Windows デスクトップアプリのキャプチャ機能を用いて取得した動画の場合には、アプリ設定内の「動画キャプチャ保存」と「作業フォルダ」で同一のフォルダが指定されていないかご確認ください。
※「作業フォルダ」とは動画編集時に使用する一時的な作業用フォルダです。
一定の操作が完了後、フォルダ内のファイルをすべて削除する仕様です。
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関連:Windows デスクトップアプリのキャプチャ設定内、「動画編集設定」>「ファイル保存先」「作業フォルダ」にはいつ何が保存されますか。
https://help.teachme.jp/hc/ja/articles/900005510206